Klasik tünellerde kirli hava zeminden emilip dışarı atılırken, Avrasya Tüneli’nin denizin tabanında yer almasından dolayı bu yöntemi uygulamak mümkün olmadı. Tünelin havalandırılması için saatte 20 kilometre hızla içeriye doğru temiz hava basılacak. Dolayısıyla dışarıya çıkan da bu hava ile atık gazlardan oluşan karışım olacak. Bunun belirli saatlerde bu bölgede arabalı vapur kuyruğu yoğunlaştığında artan trafik sıkışıklığında oluşan emisyonla karşılaştırılması daha farklı sonuçlar da verebilir.
Diğer yandan sekiz şeritli Fatih Sultan Mehmet ve altı şeritli Boğaziçi köprülerine buradan eklenecek dört şeritlik kapasitenin trafik sıkışıklığını azalttığı ölçüde emisyon miktarlarının aşağı gideceği hesaplanıyor. Hizmete açıldığında Avrasya Tüneli, bu kapasitenin yaklaşık yüzde 20’sini oluşturacak.