Mühendislik kalitesi, projenin işletme sürecinde de net bir biçimde anlaşılacak. Burada en önemli sınav, Tarihi Yarımada ile ilişkide verilecek. Bu bölgeye ek trafik yükü gelmesi ya da hava kirliliği oluşması, projenin gündeme gelmesinin ardından zaman zaman tartışma konusu olmuştu. Arıoğlu, hava kirliliği yaratmama konusunda kullandıkları havalandırma sisteminden ve doğadan destek alacaklarını söylüyor. Yaptıkları araştırmaların ortaya koyduğu sonuç, Tarihi Yarımada bölgesinin 100 günün 85’inde rüzgarı kuzeyden alması ile tünelden çıkan kirli hava karaya değil, denize doğru gidecek. İkincisi ve rüzgarın tersten alındığı günleri ilgilendiren durum ise, kullanılan havalandırma sisteminin özellikleri ile sorun olmaktan çıkıyor.